Der jüngste und mit 56 beidseitig beschriebenen Blättern längste der erhaltenen Codices zählt heute zu den Spitzenstücken des Museo de América in Madrid. Das rituelle Zauber- und Horoskopbuch erlaubt Einblicke in das religiöse Leben der Maya. Es beschäftigt sich u.a. mit der Jagd, der Bienenzucht, aber auch mit dem Einfluss des Regengottes auf Saat und Ernte. Vermutlich wurde das Buch für astrologische Weissagungen durch einen Priester verwendet und erlaubte die Festlegung der besten Saat- und Erntedaten sowie des Zeitpunkts für Opferrituale.

Der französische Ethnologe und Linguist Leon de Rosny (1837–1914), der sich ursprünglich mit asiatischen alten Schriften beschäftigt hatte, war begeistert von der Entdeckung altamerikanischer Schriften und untersuchte diese eingehend. Er stellte 1880 fest, dass die beiden Codices Troanus und Cortesianus (benannt nach ihren vorherigen Besitzern Juan Tro y Ortolano und Hernán Cortés) zusammengehörten. Nachdem sich diese Entdeckung von Fachkreisen akzeptiert wurde, kam es 1888 zur Zusammenführung der beiden bisher unabhängig von einander aufbewahrten Teile. 1883 veröffentlichte und erläuterte de Rosny ein fotografisches Faksimile des ersten Teils des damaligen Codex Cortesianus, welches die ersten 21 Blätter des Gesamtmanuskriptes umfasst.

Förstemann ordnete den Madrider Codex im Vergleich zu den anderen Manuskripten als größte und umfangreichste, aber am wenigsten sorgfältig ausgeführte Schrift ein. Er fand darin keine astronomischen oder arithmetischen Berechnungen und schloss daraus für den Dresdner Codex „auf eine viel höhere Cultur des Volksstammes, dem er angehört, zur Zeit seiner Abfassung als der Tro-Cort.“ (S. 9)